Jan Dantyszek urodził się 1 listopada 1485 roku w Gdańsku, w rodzinie mieszczańskiej. Jego ojcem był piwowar i kupiec gdański Johannes Flachsbinder (+przed 1532), matką - Krystyna Schultze (+1539). Dziadek Dantyszka pochodził z osiadłej w Prusach dolnoniemieckiej rodziny von Höfen. Zrujnowany po wojnie trzynastoletniej, osiadł w Gdańsku jako powroźnik. Stąd używany później w rodzinie przydomek Flachsbinder. Dantyszek miał dwóch młodszych braci - Bernarda i Jerzego, oraz cztery siostry (trzy znane z imienia: Katarzynę, Urszulę i Annę).

Nazwisko, a właściwie przydomek "Dantyszek" jest spolszczeniem łacińskiego słowa Dantiscus - Gdańszczanin. Nazwisko Ioannes Dantiscus jest, obok Ioannes de Curiis (co jest dosłownym tłumaczeniem Johannes von Höfen na łacinę) formą najczęściej używaną przez Dantyszka zanim został biskupem. Z rzadka używa Dantyszek niemieckiej formy von Höfen i przydomka Flachsbinder, tego ostatniego także w tłumaczeniu greckim Linodesmon . Spolszczenie Dantyszek, które funkcjonuje w polskiej literaturze naukowej jako podstawowa forma nazwiska, spotkałam w rękopisach współczesnych Dantyszkowi tylko raz. Sam Dantyszek z całą pewnością go nie używał. Z domu był niemieckojęzyczny, znane są teksty jego autorstwa w językach łacińskim i niemieckim.

Dantyszek ukończył szkołę parafialną w Grudziądzu. Na przełomie lat 1499 i 1500 studiował na Uniwersytecie Gryfijskim (Greifswald). W latach 1500-1503 (z przerwami) studiował na Akademii Krakowskiej, gdzie, złożywszy egzaminy w zakresie trivium, uzyskał bakalaureat. W Krakowie jego nauczycielem był Paweł z Krosna. W listopadzie 1505 roku Dantyszek otrzymał od Aleksandra Jagiellończyka zasiłek na dalsze studia we Włoszech. Podróżował z Gdańska przez Danię, Francję i Niemcy do Wenecji, a stamtąd - uznając najwyraźniej praktyczne doświadczenie za najlepszy uniwersytet - drogą morską przez Korfu, Peloponez, Kretę, Rodos i Cypr do Jaffy. Następnie odbył pielgrzymkę do Ziemi Świętej; podczas której dotarł do granic Arabii. W drodze powrotnej zwiedził Sycylię, Neapol, Kampanię i Rzym. Powrócił na dwór Zygmunta Starego w lutym 1507.

Już podczas studiów, około roku 1500 rozpoczął Dantyszek karierę dworską. W 1504 roku jest pisarzem królewskim. W latach 1507-1515 jako referent do spraw pruskich na dworze Zygmunta Starego posłuje do miast pruskich i na sejmiki pruskie.

W roku 1515 towarzyszy królowi na zjazd preszbursko - wiedeński. W czasie zjazdu zostaje sekretarzem poselstwa polskiego na dworze cesarskim. Od tego momentu prawie nieprzerwanie do 1532 roku trwa jego kariera dyplomatyczna. W jej trakcie Dantyszek posłuje na dwory cesarzy Maksymiliana i Karola V, króla Czech i Węgier a następnie króla rzymskiego arcyksięcia Ferdynanda, króla Anglii Henryka VIII, księcia saskiego Jerzego, księżnej Małgorzaty regentki Niderlandów i wygnanego króla duńskiego Chrystiana II. Jego wysoko ceniona przez polski dwór królewski a także przez dwór cesarski działalność dyplomatyczna dotyczy istotnych punktów polityki zagranicznej króla Zygmunta Starego, przede wszystkim spraw tureckich, stosunków polsko - krzyżackich, małżeństw króla i jego dzieci, wreszcie włoskiego dziedzictwa królowej Bony - słynnych sum neapolitańskich - najpierw legatu królowej neapolitańskiej Joanny IV na rzecz Izabeli Aragońskiej, a następnie spadku po Izabeli Aragońskiej. Dantyszek na dobre wraca do Polski w 1532 roku. Ostatnim epizodem jego kariery dyplomatycznej jest odbyte w 1538 roku wraz z Januszem Latalskim poselstwo do króla rzymskiego Ferdynanda Habsburga w sprawie małżeństwa Zygmunta Augusta z Elżbietą Habsburżanką. Podczas sprawowania funkcji oficjalnych nawiązał Dantyszek rozległe kontakty w świecie nauki i kultury renesansowej Europy. Jego zamiłowanie do zabaw znane jest już z okresu krakowskiego, kiedy to założył wraz z przyjaciółmi towarzystwo opilców i oźralców (bibones et comedones). Nawiązywanie osobistych stosunków z możnymi ówczesnego świata uważał, chyba słusznie, za jedno z ważniejszych zadań dyplomaty, łączył więc chętnie działalność dyplomatyczną z bogatym życiem towarzyskim. Długo po powrocie Dantyszka do kraju trwają przyjaźnie, zawarte w latach podróży dyplomatycznych, np. z Erazmem z Rotterdamu, Ferdynandem Cortézem, dyplomatami w służbie cesarskiej Cornelisem De Schepperem i Zygmuntem Herbersteinem, kanclerzem Chrystiana II Godschalkiem Eriksenem, humanistą hiszpańskim Alonso Valdesem, filologami takimi jak Jan van den Campen, Lazaro Bonamico, Conrad Goclenius, geografem i astronomem Gemmą Frisiusem, poetą niemieckim Heliusem Eobanem Hessusem, bankierem Antonim Fuggerem, faktorami banku Welzerów Albrechtem Cuonem, Hieronimem Sailerem i Heinrichem Ehingerem, i z wieloma innymi osobistościami, należącymi do ówczesnej elity politycznej, kulturalnej i ekonomicznej. Przyjaźnie te przez wiele lat podtrzymywane są listownie. Lista znanych obecnie korespondentów Dantyszka liczy około 350 nazwisk.

Dantyszek był cenionym przez swoich współczesnych poetą neołacińskim. Twórczością poetycką zajmował się już w czasie studiów. W roku 1517 został uwieńczony przez cesarza Maksymiliana wawrzynem poetyckim. Przez całe życie uprawiał różne gatunki poezji - pisał epigramaty, elegie, epitalamia, sylwy, poematy okolicznościowe, epitafia. Pod koniec życia Dantyszka ukazał się drukiem zbiór hymnów religijnych jego autorstwa. W jego wierszach, podobnie jak w korespondencji, pojawiają się różnorodne wątki tematyczne - życie dworskie, erotyka, polityka, historia, mitologia, wątki autobiograficzne, wreszcie teologia. Z prozy jego pióra, pomijając korespondencję, dokumenty i mowy poselskie, znane są jedynie relacja z bitwy pod Obertynem , oraz napisana jako wstęp do katechizmu, mającego obowiązywać w diecezji warmińskiej broszura Explanatio de christiana fide .

W nagrodę za swoją działalność dyplomatyczną otrzymywał Dantyszek beneficja kościelne: w 1521 roku probostwo w Gołąbiu, w 1523 roku probostwo kościoła Najświętszej Marii Panny w Gdańsku, w 1529 roku uzyskał kanonię chełmińską, w 1530 roku - biskupstwo chełmińskie, wreszcie w 1537 roku został biskupem warmińskim. Na tym urzędzie pozostał do śmierci w roku 1548.

Jakkolwiek Dantyszek utrzymywał kontakty z twórcami i sympatykami reform kościelnych - korespondował z Filipem Melanchthonem, znał osobiście Lutra, przyjaźnił się, jak już wspomniano, z Erazmem z Rotterdamu - jednakże podczas sprawowania urzędów kościelnych w Prusach ostro przeciwdziałał szerzeniu się reformacji.

Będąc jako biskup chełmiński członkiem, a następnie jako biskup warmiński - przewodniczącym Rady Pruskiej, angażował się przede wszystkim w lokalną politykę oraz pośredniczył w kontaktach Rady z dworem Zygmunta Starego. Utrzymywał też ożywione stosunki z dworem księcia Pruskiego Albrechta Hohenzollerna. Kopie fragmentów korespondencji, otrzymywanej przez Dantyszka z całej Europy, załączane przez niego do listów do Albrechta, bywały dla księcia źródłem informacji o bieżących wydarzeniach politycznych.

Dantyszek jako biskup chełmiński i warmiński dbał także o rozwój oświaty w swoich diecezjach. Skutecznie patronował restytucji podupadłej szkoły w Chełmnie jako nowej, katolickiej szkoły humanistycznej, mającej swoim wysokim poziomem sprostać konkurencyjnym szkołom protestanckim . Z Lidzbarka Warmińskiego uczynił centrum nauki i kultury. Założył bibliotekę biskupią, kolekcjonował dzieła sztuki (obrazy, rzeźby, piękne i cenne przedmioty użytkowe), utrzymywał na dworze biskupim artystów (np. malarza H. Heffnera), wspomagał edycje utworów swoich przyjaciół (np. Jana van Campen). Fundował także zagraniczne stypendia naukowe dla zdolnej młodzieży (np. Eustachy Knobelsdorf, Stanisław Aichler).

W podróżach dyplomatycznych Dantyszka jako członkowie orszaku poselskiego brali udział jego bracia Jerzy i Bernard. W okresie sprawowania godności biskupich opiekował się Dantyszek swoimi kuzynami (Kaspar i Jan Hannow, Jan Lemann, Jan de Curiis Hartowski), łożąc na ich wykształcenie. Jako najstarszy syn był Dantyszek

Podczas pobytu w Hiszpanii (1519, 1522-23, 1524-29) Dantyszek założył w Valladolid nieformalną rodzinę - związał się z Isabel Delgada, z którą miał córkę Juanę Dantisca (1527- po 1592) i syna Juana (1529 - ~ 1531). Przez kilka lat po urodzeniu się dzieci Dantyszek opiekował się nimi i matką za pośrednictwem przyjaciół. Później, w wyniku rozmaitych nieporozumień kontakty zostały zerwane. Spośród kilkanaściorga dzieci Juany Dantisca czterej synowie zaliczają się do grona wybitnych hiszpańskich humanistów: Antonio Gracián był zaufanym sekretarzem i bibliotekarzem królewskim Filipa II; Jeronimo Gracián był teologiem, pisarzem mistycznym, reformatorem zakonu Karmelitów i spowiednikiem świętej Teresy z Avila; Lucas Gracián jako pisarz zasłużył się dla literatury hiszpańskiej adaptacją Il Cortigiano Giovanniego della Casa (El Galateo Espanol), był także nadwornym kapelanem i notariuszem królewskim; Thomas Gracián był sekretarzem królewskim i tłumaczem z języka francuskiego.

Dantyszek zmarł w Lidzbarku Warmińskim 27 października 1548 roku. Najprawdopodobniej nie pozostawił testamentu, a z zachowanych dokumentów wynika, że jego majątek podzieliło między siebie jego rodzeństwo w Prusach i kapituła warmińska.